14-04-2023
Для улучшения этой статьи желательно:
|
Рибосомальный профилинг — это метод, основанный на массовом секвенировании фрагментов мРНК, взаимодействующих с рибосомами. Этот метод позволяет наблюдать за трансляцией, конкуренцией рибосом за локализацию вокруг мРНК в определенном месте. Также его используют для нахождения области, кодирующей белки в мРНК, рамок считывания, для определения месторасположения рибосом на мРНК. Рибосомальный профилинг не позволяет прямо описывать кинетику элонгации и остановки рибосом, задействованных в процессе элонгации[1].
До появления этого метода ключевой технологией измерения экспрессии генов была total mrna abundance[уточнить].
Метод основан на массовом секвенирование фрагментов всех мРНК в клетке. Появление этой технологии было революционно, но у неё есть свои недостатки:
Из-за этих недостатков этот метод обладает ограниченными разрешением и точностью. В 2009 году N.T. Ingolia и другиеGenome-wide analysis in vivo of translation with nucleotide resolution using ribosome profiling. разработали новый рибосомальный профайлинг метод измерения экспрессии генов, учитывающий перечисленные выше недостатки.
Фрагменты, защищенные комплексами из рибосом, длиннее, чем фрагменты, защищенные одной рибосомой. Компактно уплотненные пары рибосом защищают фрагменты мРНК длинной 58-62 нуклеотидов, 48S доинициативный комплекс защищает фрагменты длинной 50 или 70 нуклеотидов в зависимости от состояния комплекса. Для создания библиотеки этих очищенных фрагментов была использована РНК лигаза, с помощью которой прикрепляются линкеры к 3’ концам фрагментов. Для удаления примеси рибосомальной РНК используют субтрактивную гибридизацию.
Рибосомальный профилинг.